Hay cinco tipos básicos en los que se puede usar la naturaleza de chakra, llamado los Cinco Elementos de la Naturaleza (五大性质変化, Godai Seishitsu Henka). Estos cinco tipos son también llamados elementos y no sólo el origen de los nombres de las Cinco Grandes Naciones Shinobi, sino también el fundamento de toda ninjutsu elemental. El Elemento es la base que el ninjutsu utiliza por parte del Shinobi para realizar distintos tipos de técnicas. Las cinco naturalezas básicas están todos conectados entre sí en un círculo, cada uno siendo más débil que una y más fuerte que otra. La cantidad de chakra será diferente en cada técnica, al igual que el elemento que emplea el ninja. Los cinco principales tipos elementales son también los nombres de las Cinco Grandes Naciones del Mundo Shinobi: Fuego, Viento, Rayo, Tierra y Agua. Cada ninja tiene el potencial de utilizar mejor uno de estos elementos (llamado Elemento de Afinidad) y potencialmente otros. Los usuarios del Rinnegan de alguna manera tienen la capacidad de controlar los cinco elementos.
El elemento de afinidad de un ninja será más fuerte que el de otro que no sea su afinidad. Por ejemplo:
El PJ1 tiene de elemento afinidad el Katon, y el PJ2 tiene también el elemento Katon, pero no de afinidad, obviamente el Katon del PJ1 será más fuerte. Los Elementos de Afinidad cuentan como un elemento más, es decir que en la ficha, un ninja de Rango Jounin (hipotéticamente) tendrá que poner su Elemento de Afinidad, y luego sus dos elementos restantes puesto que en total son 3. Es SUMAMENTE IMPORTANTE Aclarar cuál es el de Afinidad y cuáles son los demás al momento de hacer la Ficha Ninja.
Otro punto a tener en cuenta es el Nivel del Ninja: si un Ninja Chunin Nivel 1 (ejemplo) utiliza un Jutsu de uno de sus elementos que no son de afinidad, y su oponente hace exactamente lo mismo, pero este último es Chunin Nivel 2, el Jutsu oponente tendrá ventaja. Pero si el Chunin Nivel 1 usa un Jutsu de su elemento de Afinidad, y el enemigo Chunin Nivel 2 hace lo mismo, pero este último no es de afinidad, se puede decir que ambos Jutsus serían igual de fuertes.
Elementos avanzados, tales como Madera y Hielo se crean por la combinación de diferentes tipos de chakra elemental. Hacer esto sólo es posible con un Kekkei Genkai, o con una bestia con cola con tal elemento como habilidad.
Fuego----Gana a---->Viento
Viento----Gana a---->Rayo
Rayo----Gana a---->Tierra
Tierra----Gana a---->Agua
Agua----Gana a---->Fuego
Lista de cantidad de Elementos por rango:
Gennin-1 Elemento
Chunnin-2 Elementos
Jounnin/Anbu-3 Elementos
Kage/Sannin/S-3 Elementos y Uno combinado
Los Elementos Avanzados (Madera, Hielo, Lava, etc.) cuentan como Kekkei Genkai y no como Elemento.